Vibraciones en el Motor

Buen día gente!

Quería consultarles para sacarme una duda. La moto, llegando a las 6000RPM, el motor empieza a vibrar demasiado. Lo noto mucho en los pedalines y en los manillares. La moto en sí no vibra, anda como una seda, pero sí el motor. No sé que podrá ser.
Quizás esto tenga que ver?: hace como un par de meses (3 por ahí) cambié la transmisión entera por estas razones:

- Tenía como 3 eslabones trabados (imposibles ya de moverlos): con esto anduve muchos kilómetros hasta que medí cuenta. Podrá haber jodido algo? Sigo con el segundo motivo relacionado.
- Había una vibración corta, cuando iba frenando y al llegar a los 20-18Km/h (teniendo el embrague presionado para sentirlo más) hay una vibración de unos 2 segundos que lo siento en los pedalines... fue ahí cuando dije, cambio toda la transmisión.

Puse transmisión original, con excepción de la cadena, que puse una DID Japonesa con las mismas características que la original.

El tironeo por los eslabones trabados obviamente desapareció, pero este último (ese pequeño lapso de vibración) no. Será que por haberla usado con la cadena trabada se jodió rodamientos del piñon o algo relacionado?
Puede que haya que ajustar el balanceador armónico? (si es que se ajusta).

Aparte de esto, como dije al principio me preocupa que el motor vibre tanto. Usarla a 100 por ejemplo es terrible lo que empieza a vibrar aún más (y dato adicional: a duras penas puedo llevarla a 120Km/h y muchas veces no paso los 115).

Siempre hago todos los mantenimientos, incluyendo cadena, cambio de aceite religiosamente cada 2000Km o menos (siempre Motul 5100).

Tengo pensando igual llevársela a Alewank, pero quizás a alguien le haya pasado.

EDIT: me olvidaba, tengo una 220F ya con 31000km, del 2010.

Gracias!!

Saludos.